基本病理变化是胆管的完全梗阻和胆管内化脓性感染，梗阻后胆管扩张，管壁充血、水肿、增厚，黏膜形成溃疡。管内压力升高。管腔内充满脓液或脓性胆汁。由于高压的脓性胆汁逆行入肝实质，造成肝脏急性化脓性感染。少数病人的脓性胆汁可穿越破碎的肝细胞进入肝窦，再循肝静脉进入肺静脉，造成肺内胆砂性栓塞。更由于大量细菌和毒素进入血内，进一步发展成革兰阴性杆菌脓毒血症、感染性休克和多器官功能衰竭。