潜伏期4~21d,一般10~14d。典型病例分如下几期:①初期:一般1~3d。起病急,1~2d体温达39℃左右,常伴头痛、恶心、呕吐、嗜睡,但神志清楚。少数立即出现高热、深度昏迷,迅速进入极期,病势凶险。②极期:病程的4~10d。除初期症状加重外,主要为脑实质受损的表现。高热为本病的必有表现,一般措施难以控制,多持续7~10d。意识障碍为本病主要表现,程度不等,包括嗜睡、谵妄、昏睡、昏迷等。抽搐或惊厥是病情严重的表现,抽搐可呈局部性或全身强直性,历时数分钟至数十分钟不等。呼吸衰竭是本病病死的主要原因,多见于深度昏迷的患者。颅内压增高出现剧烈头痛、喷射性呕吐、血压增高、脉搏变慢、婴儿前囟隆起,脑膜刺激征阳性。常有浅反射消失,深反射先亢进后消失,大小便失禁,尿潴留等,病理反射征阳性。③恢复期:极期过后体温在3~5d逐渐降至正常,精神神经症状逐日好转,大多于2周左右完全恢复。极少数患儿在发病6个月后仍有精神神经症状,称为后遗症。