潜伏期2~20d,平均7~10d。①卡他期:起病可有低热、流涕、干咳等上感症状,3~4d后咳嗽加重,尤其以夜间为甚。持续7~10d。②痉咳期:较大婴儿和儿童突出表现为阵发性痉挛性咳嗽,每次发作连咳数十声,集中在呼气期。患儿面红耳赤、张口伸舌、涕泪及黏痰交流,十分痛苦。在咳嗽至憋气濒于窒息时,突然急速深长吸气,气流通入痉挛而狭窄的声带,发出鸡鸣样吸气声。每次阵咳末常伴有呕吐,夜间更甚,睡眠受影响。剧烈地阵咳使颜面、眼睑水肿,并使眼结膜、鼻黏膜毛细血管破裂出血。持续2~6周或更长。6个月以内的婴儿常不表现为阵发性痉挛性咳嗽,突出表现为憋气和窒息。③恢复期:阵发性痉咳日渐消失,一般情况逐渐好转,无并发症者此期持续2周左右。并发症包括:支气管肺炎、肺不张、肺气肿及皮下气肿和百日咳脑病。