病原体多由呼吸道入侵，也可经血行入肺。病原体入侵导致肺泡内炎性渗出，影响换气和通气，导致低氧血症，严重时还出现高碳酸血症。代偿性的呼吸和心跳增快、鼻翼扇动和三凹征．严重时出现发绀，甚至产生呼吸衰竭。重症者常伴有病原体毒血症，缺氧、二氧化碳潴留可致肺循环压力增高和毒血症可导致中毒性心肌炎，两者作用的结果可出现心力衰竭；病原体毒素还可引起消化系统功能紊乱；由于缺氧和病原体毒素作用，可出现中毒性脑病以及代谢性和呼吸性酸中毒及电解质紊乱。